1. 在EndNote中Citation、Biblography與Footnote是有不同的。
(1)Citation出現在內文，格式依Output Style而有不同，通常是(Author Year)的型式，有的則是Citation編號。
(2)Biblography則出現在文末，格式仍依Output Style而有不同，通常編排的順序不是依作者字順就是依Citation編號。
(3)Footnote則出現在Citation那一頁的下緣，通常帶有Citation的編號。
2. 不是每一種Output Style皆對Citation、Biblography與Footnote的樣式(templates)有定義，故若自己要投稿的期刊格式是有Footnote，而同時也需要參考某一個Output Style再行修改成自己所要的格式時，應留意所選的Output Style是否有定義Footnote。對此，大家可參考 “Chicago Style 15th A” 與 “Chicago Style 15th B” 的不同處。
(“Chicago Style 15th A” 對於Footnotes有不同於Biblography的templates；而“Chicago Style 15th B”則未有Footnotes的templates，在使用註腳時會出現與Citation相同的格式，即(Author Year)。
那如何以註腳(Footnotes)的方式在Word中插入EndNote書目呢? 首先得在Word中選擇「插入」功能項下的「參照_註腳」功能(該功能會詢問Footnote出現的位置與編號格式等)，選擇好Footnote出現的位置與編號格式等後，就會在指定的位置(例如該頁的下緣處)出現Footnote的編號，其後在編號後利用EndNote工具列中的「Insert Select Citations」功能，就可以插入EndNote書目了，其Footnote的格式，當然就依你所選擇的Output Style中所定義的格式來出現。若要調整成不同的樣式，則利用EndNote工具列中的「Format Bibliography」功能來選擇不同的Output Style即可。
下圖是利用“Chicago Style 15th A” 與 “Chicago Style 15th B”呈現不同的Footnote格式。
